Kurz und knapp: Saint-Charles tagsüber kein Problem, Koffer im Auge behalten fertig. Abends nach 22 Uhr würde ich als Tourist dort nicht mehr länger herumstehen als nötig.

Da möchte ich S.Weber42 ein klein wenig widersprechen: Dass die Sicherheitsdiskussion "übertrieben" ist, würde ich nicht so pauschal sagen. Es kommt sehr darauf an wohin man genau geht. Nördliche Stadtteile wie Belle-de-Mai oder Teile von Saint-Mauront sind keine Touristenviertel und das aus gutem Grund – da verirrt man sich als Besucher schlicht nicht hin, und wenn doch, dann sollte man das merken und umkehren.

Für eure konkrete Route (Ankunft Saint-Charles, Vieux-Port, Le Panier, vielleicht Cours Julien) seid ihr aber wirklich in einem Bereich wo die allermeisten Reisenden problemlos unterwegs sind. Ich würde mir da keine schlaflosen Nächte machen.

Ein Hinweis noch zum ÖPNV: Die Tageskarte lohnt sich, und die App Rtm Marseille zeigt Echtzeit-Abfahrten. Ich bin lieber mit der Métro gefahren als mit dem Bus, einfach weil's schneller und übersichtlicher ist.